Dendrogram

Dendrogram, hiyerarşik kümeleme sonucunu ağaç olarak görselleştirir.

Dendrogram

Dendrogram, birleşme ağacının çizimidir: yaprakların örnekler, yatay çizgilerin birleşmeler, çizgi yüksekliğinin birleşme mesafesi olduğu bir grafik. Yatay bir çizgiyle kesildiğinde kestiği dikey çizgi sayısı küme sayısını verir.

from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram
import matplotlib.pyplot as plt
fig, ax = plt.subplots()
dendrogram(Z, ax=ax)
ax.axhline(4, color="r", linestyle="--")   # bu yükseklikte kes

Uzun dikey dallar, iyi ayrılmış kümelerin işaretidir.

fcluster ile kesim

Ağacı koddan kesmek için fcluster kullanılır: ya bir mesafe eşiğiyle (criterion="distance") ya da istenen küme sayısıyla (criterion="maxclust"):

from scipy.cluster.hierarchy import fcluster
etiket = fcluster(Z, t=4, criterion="distance")   # 4'ten yüksek birleşmeleri kes
etiket2 = fcluster(Z, t=3, criterion="maxclust")  # en fazla 3 küme

fcluster etiketleri 1'den başlatır; scikit-learn ise 0'dan.

Uygulama Ağacı kes

Ward bağlantısıyla ağacı kur. fcluster ile önce t=3, criterion="maxclust", sonra t=10, criterion="distance" kesimi yap; iki etiket dizisini alt alta yazdır.

Örnek çözümü göster

import numpy as np
from scipy.cluster.hierarchy import linkage, fcluster

X = np.array([[0, 0], [0, 1], [1, 0], [5, 5], [5, 6], [6, 5], [12, 0], [12, 1]])

Z = linkage(X, method="ward")
print(fcluster(Z, t=3, criterion="maxclust"))
print(fcluster(Z, t=10, criterion="distance"))

Kendini test et

Dendrogramda bir yatay kesim 3 dikey çizgiyi kesiyorsa kaç küme elde edilir?
- 2
- 4
- Belirlenemez
- 3
Cevabı göster

3 — Kesimin altındaki her bağımsız dal bir kümedir.

Ağacı en fazla 2 küme olacak biçimde kes.

etiket = fcluster(Z, t=2, criterion=____)

Cevabı göster

etiket = fcluster(Z, t=2, criterion="maxclust")

Kavramları eşleştir.

yaprak

Tek örnek
çizgi yüksekliği

Birleşme mesafesi
yatay kesim

Küme sayısını belirler
uzun dal

İyi ayrılmış küme

Sıradaki ders: Agglomerative

Deneyiminizi Geliştiriyoruz

Çerez Tercihleri

Kesinlikle Gerekli Çerezler

Analitik Çerezler